शेख हसीना के जाने के बाद से ISI ने बांग्लादेश में तेजी से अपनी पैठ बढ़ाई है और ढाका के नई दिल्ली से दूर करने की सक्रिय कोशिश की है। इंटेलिजेंस एजेंसियों ने चेतावनी दी है कि ISI और ढाका के बढ़ता सहयोग भारत के पूर्वोत्तर में सक्रिय विद्रोही गुटों के लिए अवैध हथियारों की तस्करी को फिर से शुरू करने का खतरा पैदा कर सकता है।